Κατά την βυζαντινή περίοδο, η Φάρσαλος εντάχθηκε στην επαρχία Θεσσαλίας με πρωτεύουσα την Λάρισα και συμμετείχε σε όλα τα ιστορικά γεγονότα της ευρύτερης περιοχής.

Κατά τους Μέσους Βυζαντινούς Χρόνους η πόλη γνώρισε μεγάλη οικονομική άνθηση, αλλά κατά την Υστεροβυζαντινή Περίοδο παρήκμασε.

Κατά τον 14ο αιώνα εντάχθηκε στο καταλανικό δουκάτο των Αθηνών.