Η πόλη κατά την διάρκεια τής Τουρκοκρατίας ήταν έδρα μπέηδων, που εκμεταλλεύονταν τις εύφορες εκτάσεις τής περιοχής και στις αρχές τού l9ου αιώνα έγιναν τσιφλίκι του Αλή Πασά.

O πληθυσμός της, σύμφωνα με τις πληροφορίες που μάς παρέχει ο Γάλλος πρόξενος στην Θεσσαλονίκη Μπωζούρ (Beaujour), έφθανε στις 5.000, η πόλη αποτελούσε ένα από τα κυριότερα κέντρα βαφής βαμβακερών ειδών και η εμποροπανήγυρή της, το δεύτερο δεκαπενθήμερο τού Αυγούστου, ήταν η σημαντικότερη τής Θεσσαλίας, καθώς συνέπιπτε με την συγκομιδή των δημητριακών.

Κατά την διάρκεια των Ορλοφικών δοκιμάστηκε από τους Τουρκαλβανούς που επέστρεφαν από την Πελοπόννησο μετά την καταστολή τής εξέγερσης, αλλά ανέκτησε την εμπορική σημασία της τα επόμενα χρόνια.

Στην επανάσταση τού 1854 στην Θεσσαλία, στην Μακεδονία και στην Ήπειρο, πολλοί κάτοικοι της κατατάχθηκαν στα εθελοντικά σώματα, όπως επίσης και στην επανάσταση τού 1878.

Μετά την ένωση τής Θεσσαλίας με την Ελλάδα το 1881, η οικονομική ζωή στην πόλη γνώρισε νέα ακμή, που συνεχίστηκε και στις επόμενες δεκαετίες.

Κατά τον πόλεμο τού 1897, στα Φάρσαλα διεξήχθη σκληρή μάχη εναντίον των Τούρκων, στις 24 Απριλίου όμως οι ελληνικές δυνάμεις αναγκάστηκαν να υποχωρήσουν στον Δομοκό.