Κατά τον Β, Παγκόσμιο Πόλεμο, τα Φάρσαλα δοκιμάστηκαν λόγω τής Θέσης τους. Bομβαρδίστηκαν τις πρώτες μέρες τού Απριλίου 1941 από γερμανικά αεροπλάνα, που προξένησαν σοβαρές ζημιές και κατά την Κατοχή πλήρωσαν ακριβά την συμμετοχή των κατοίκων στην Εθνική Αντίσταση.

Στο τέλος Μαρτίου τού 1943, η πόλη πυρπολήθηκε από τους Ιταλούς και 200 περίπου κάτοικοί της εκτελέστηκαν σε αντίποινα για την δράση των ανταρτών.